神楽殿よりさらに西方に位置する、大きな瓦屋根の建物が祖霊社（正式には出雲大社教祖霊社）です。その歴史は明治８年にはじまります。
出雲大社教初代管長千家尊福公（当時は出雲大社大宮司）が、大国主大神さまが「幽（かく）れたる神事」をお治めになる御神徳を現されることから、今現世に生かされている人々が亡くなって後も、その御霊（みたま）が安らかに家の守護神（まもりがみ）として鎮まって戴けるよう大神さまに安寧をお願いしお守り戴くための葬祭（葬式）を行い、御霊さまに永久に安らかにお鎮まり戴く時々の追遠のお祭り（仏教での法事）を行う処としてお建てになりました。

斎家（檀家）は大社町内外に２０００戸以上になります。祖霊社も他のお社のように自由に参拝できます。
また、より親しみやすく参拝していただくために、この拝殿は平成９年から椅子席になりました。